Η ονομασία Κοτύωρα σημαίνει «τα φρούρια του Κότυος» ( το τοπονύμιο προέρχεται από το όνομα του βασιλιά της Παφλαγονίας Κότυος και τη λέξη «ώρα» που σήμαινε και φρούριο). Κατά την αρχαιότητα, και πριν από την περσική κυριαρχία, τα Κοτύωρα αποτελούσαν ανεξάρτητη δημοκρατική πολιτεία, ενώ ο Αρριανός, στο έργο του «Περίπλους Ευξείνου», κατά το 2ο αι. μ.Χ. τα αναφέρει ως μια μικρή πόλη. Κατά την εποχή του Φαρνάκη Α΄ (185-170 π.Χ.) η πόλη των Κοτυώρων υπέπεσε σε κατάσταση μικρού αλιευτικού οικισμού και μετά το 63 π.Χ. ο Πομπήιος εγκατέστησε εδώ μερικές αλιευτικές οικογένειες για τις ανάγκες των ρωμαϊκών λεγεώνων.
Επί βυζαντινών τα Κοτύωρα δεν έχουν ιδιαίτερα σημαντική παρουσία, ενώ το 1204 υπάγονται στην Αυτοκρατορία της Τραπεζούντας. Το 1454 περιέρχονται στην κυριαρχία του Σουλεϊμάν, ο οποίος παρέδωσε την πόλη στον Πορθητή, το 1461. Να σημειωθεί πως διερχόμενος ο Πορθητής παρατήρησε πως οι Έλληνες κάτοικοί της εγκατέλειψαν την πόλη τους και έφυγαν προς διάφορες κατευθύνσεις, αφού προηγουμένως έκαψαν τα σπίτια τους για να μην τα χρησιμοποιήσουν οι Τούρκοι. Τότε διέταξε την εκ θεμελίων καταστροφή της για να εξαφανιστεί κάθε ίχνος της. Τα σημερινά Κοτύωρα, Ορντού, σύμφωνα με τη σύγχρονη ονομασία, εικάζεται πως έχουν χτιστεί στην ίδια ή σε παρακείμενη με την αρχαία πόλη τοποθεσία, πράγμα που επιβεβαιώνουν και τα ευρήματα που έφεραν στο φως αρχαιολογικές ανασκαφές. Ο Παπαμιχαλόπουλος αναφέρει ότι στα Κοτύωρα, το 19ο αι., βρέθηκε άγαλμα ανδρός που παραπέμπει στο θεό Ερμή.
Γύρω στα 1770 χριστιανικές οικογένειες από την Αργυρούπολη, τα χωριά Κορόξενα, Γαργάαινα, Δέσμενα, Κασσιόπη κ.ά., εγκαταστάθηκαν σε τοποθεσία ΝΔ των Κοτυώρων και σε απόσταση μίας ώρας από αυτά υπο την διοίκηση τούρκου διοικητή, του μουσελίμη. Εκεί έζησαν περί τα 60 με 65 χρόνια και αργότερα εγκαταστάθηκαν στην Ορντού όπου μετ’ ολίγον ήρθαν να προστεθούν σ’ αυτούς και κάτοικοι της Τραπεζούντας υπό τον φόβο πιθανού εξισλαμισμού τους. Κατά τις αρχές του 20ου αιώνα η πόλη είχε περίπου 12.000 κατοίκους από τους οποίους οι 6.000 ήταν Έλληνες. Το 1917 ο πληθυσμός τους φτάνει τις 17.000 εκ των οποίων οι 7.000 ήταν Έλληνες.
